Центр специального назначения ФСБ России был создан в 1998 году по инициативе директора Федеральной службы безопасности Российской Федерации В.В. Путина путём объединения в единый коллектив ряда подразделений специального назначения органов безопасности, говорится в сообщении Центра общественных связей ФСБ России.
Решение об образовании подразделения было обусловлено нарастающей угрозой распространения международного терроризма и экстремизма и проходило в сложных для страны условиях — в период, когда против Российской Федерации фактически была развёрнута террористическая война. Создание Центра позволило объединить усилия подразделений специального назначения органов безопасности при проведении боевых операций по пресечению актов терроризма и силовом обеспечении деятельности по противодействию организованным криминальным структурам.
За 20 лет существования сотрудники Центра самостоятельно и во взаимодействии с другими подразделениями провели множество оперативно-боевых мероприятий, в ходе которых освобождены сотни захваченных боевиками заложников, обезврежены активные члены бандформирований, среди которых такие одиозные главари, как С. Радуев, А. Бараев, А. Масхадов, Р. Халиллов, А. Астемиров, Саид Бурятский, эмиссары международной террористической организации «Аль-Каида» на Северном Кавказе Абу-Умар, Абу-Хавс, Сейф Ислам, изъято большое количество оружия, боеприпасов, взрывчатых и наркотических веществ.
Проверкой на прочность, профессионализм и силу духа для сотрудников Центра стали события в Московском театральном комплексе на Дубровке в октябре 2002 года и в средней школе № 1 г. Беслана в сентябре 2004 года. Проведенные там операции по освобождению заложников не имеют аналогов в мировой практике борьбы с терроризмом.
Сотрудники Центра участвуют в проведении боевых мероприятий по пресечению актов терроризма, в том числе на объектах транспорта, критически важных объектах и местах массового скопления людей. Проводят разведывательно-поисковые мероприятия в целях выявления и пресечения деятельности бандгрупп в горно-лесистой местности. Участвуют в обеспечении безопасности важных общественно-политических и иных массовых мероприятий при наличии угрозы совершения террористических актов.
Центр оснащён современными видами вооружения и специальной техники. В арсенале, в том числе, имеется бронированная техника, беспилотные летательные аппараты, боевые робототехнические комплексы, современное снайперские и гранатомётное оружие, оптические прицелы, приборы ночного видения, современные средства связи, средства обнаружения взрывчатых веществ, приборы навигации и целеуказания.
Деятельность сотрудников Центра высоко оценена руководством страны и федеральной службы безопасности. Более двух тысяч раз сотрудникам вручались государственные награды, 22 военнослужащих удостоены звания Героя России (12 из которых посмертно).
Центр специального назначения ФСБ России сегодня – это хорошо подготовленный и оснащённый коллектив профессионалов, способный эффективно решать самые сложные оперативно-боевые задачи по защите безопасности граждан и государства. За 20 лет с момента образования главной оценкой заслуг его сотрудников можно считать то, что именно им доверяют выполнение наиболее сложных задач, когда велика вероятность вооружённого противостояния с преступниками.