4 июня 1960 года согласно директиве заместителя министра обороны – начальника Тыла Вооружённых Сил СССР в Военно-медицинской академии был основан факультет подготовки врачей для ВКС.
Факультету предстояло готовить и усовершенствовать авиационных врачей по всему комплексу характерных заболеваний и симптомов, сопровождающих лётный труд. Это потребовало разработки нового учебного плана и соответствующей учебной программы по авиационной медицине и организации тактики медицинской службы. Почти в два раза было увеличено общее время обучения, а приоритет практических занятий и введение государственного экзамена по авиационной медицине и организации тактики медицинской службы существенно улучшили подготовку авиационных врачей по вопросам медицинского обеспечения полётов и контроля за состоянием здоровья лётного состава. Прорыв в космос потребовал введения в курс авиационной медицины вопросов космической медицины.
Курсанты и слушатели факультета с тех пор стабильно показывают отличную учёбу, в том числе по профилирующим направлениям: организации и тактики медицинской службы Воздушно-космических сил, физиологии лётного труда, офтальмологии, оториноларингологии и многим другим. На факультете и профилирующей кафедре авиационной и космической медицины ведётся обширная научная работа, функционирует научный кружок военно-научного общества курсантов и слушателей.
Свыше 300 выпускников факультета стали видными деятелями военной медицины. Многие продолжают служить в академии, возглавляя в том числе ведущие кафедры.