Регулярной дезинфекции подвергаются столовые, дороги общего пользования, транспортные средства и прилегающие территории, здания и внутренние помещения военкоматов в городах Калининградской области и приёмно-техническая комиссия Балтийского флота, а также объекты воинских частей, штабов, мест проживания и питания военнослужащих. В ходе обработки военнослужащие применяют один из самых надёжных растворов для дезинфекции – полуторапроцентный водный раствор 2/3 гипохлорита кальция.
В общей сложности за сутки в гарнизонах, дислоцированных в Калининградской и Ленинградской областях, подразделениями РХБ защиты дезинфицируется более 340 тысяч квадратных метров. Для дезинфекционной обработки объектов на Балтийском флоте задействовано более 550 военнослужащих подразделений РХБ защиты.