В годы войны стратегическое руководство Вооружёнными Силами осуществляла Ставка Верховного Главнокомандования.
С началом Великой Отечественной войны оптимальная система управления Вооружёнными Силами в Советском Союзе сложилась не сразу. Неблагоприятный характер начального периода войны вынудил власти внести серьёзные коррективы в представления о механизме руководства страной в военное время.
23 июня 1941 года, на второй день войны, совместным постановлением Совета народных комиссаров СССР и ЦК ВКП(б) № 825 была создана Ставка Главного Командования. В её состав вошли народный комиссар обороны Маршал Советского Союза Семён Тимошенко (председатель), председатель Совета народных комиссаров СССР, секретарь ЦК ВКП(б) Иосиф Сталин, заместитель председателя Совета народных комиссаров, народный комиссар иностранных дел Вячеслав Молотов, заместитель председателя Совета народных комиссаров Маршал Советского Союза Климент Ворошилов, начальник Генерального штаба РККА генерал армии Георгий Жуков, первый заместитель наркома обороны Маршал Советского Союза Семён Будённый и народный комиссар ВМФ адмирал Николай Кузнецов.
Однако уже первая неделя войны показала, что существующая схема государственного управления не позволяет оперативно решать ни военные, ни хозяйственные вопросы. Жизнь потребовала максимальной централизации руководства государством и обществом. Так родилась идея создания Государственного комитета обороны (ГКО) – чрезвычайного органа управления, обладавшего всей полнотой военной, политической и хозяйственной власти. Он был образован 30 июня 1941 года совместным постановлением президиума Верховного Совета СССР, Совета народных комиссаров СССР и Центрального комитета ВКП(б). ГКО, председателем которого стал Сталин, осуществлял руководство боевыми действиями через Ставку.
10 июля 1941 года Ставка Главного Командования в связи с образованием трёх главных командований направлений (Северо-Западного, Западного и Юго-Западного) была преобразована постановлением ГКО в Ставку Верховного Командования. Во главе её вместо наркома обороны Тимошенко встал Сталин. В состав Ставки был введён заместитель наркома обороны Маршал Советского Союза Борис Шапошников (вместо наркома ВМФ).
8 августа 1941 года Ставку вновь переименовали – теперь её стали называть Ставкой Верховного Главнокомандования. В состав Ставки ВГК до 17 февраля 1945 года входили:
• И.В. Сталин (нарком обороны с 19 июля 1941 года, Верховный Главнокомандующий),
• С.М. Будённый,
• К.Е. Ворошилов,
• Г.К. Жуков,
• В.М. Молотов,
• С.К. Тимошенко,
• Б.М. Шапошников (29 июля 1941 года назначен начальником Генштаба РККА).
Незадолго до Победы, 17 февраля 1945 года, постановлением ГКО состав Ставки Верховного Главнокомандования был скорректирован. В её состав входили:
• И.В. Сталин (Верховный Главнокомандующий),
• Маршал Советского Союза Г.К. Жуков (с 26 августа 1942 года заместитель Верховного Главнокомандующего, первый заместитель наркома обороны),
• Маршал Советского Союза А.М. Василевский (с февраля
1945 г. командующий 3-м Белорусским фронтом; до этого, с июня 1942 года, начальник Генштаба),
• генерал армии А.И. Антонов (с 4 февраля 1945 года начальник Генштаба),
• генерал-полковник Н.А. Булганин (член Государственного комитета обороны, заместитель наркома обороны СССР),
• адмирал флота Н.Г. Кузнецов.
Всю войну основным рабочим органом Ставки ВГК являлся Генеральный штаб, тесно взаимодействовавший с управлениями Народного комиссариата обороны и Народного комиссариата ВМФ.
