Великая Отечественная война стала тяжёлым испытанием и суровой проверкой способности организационно-мобилизационных органов эффективно решать свои задачи в военное лихолетье.
С началом Великой Отечественной войны организационно-мобилизационные органы, как оказалось, не только не рассчитали истинные потребности Вооружённых Сил СССР в людских и материальных ресурсах в реально сложившихся военных условиях, но и не спланировали заранее должным образом комплекс неотложных мероприятий по их реализации. Следует признать, что ряд неудач на начальном этапе войны во многом был предопределён самой структурой, ориентированной на функционирование в мирное время. Когда остановить и разгромить противника силами войск приграничных округов не удалось, стало очевидным: необходимо создание нового стратегического фронта обороны, предстоят крупные перегруппировки войск, формирование резервов и их масштабное материально-техническое обеспечение, организация действенного стратегического и оперативного взаимодействия…
В то время организационно-мобилизационными органами в сжатые сроки была проделана огромная работа. Практически коренным образом были реорганизованы центральные органы военного управления Народного комиссариата обороны СССР, организационно-штатное устройство войск и сил флота. К примеру, организация и штаты стрелковой дивизии в ходе войны менялись шесть раз, трижды реорганизовывались танковые и механизированные войска. Большие структурные изменения были проведены и в других видах, родах войск и специальных войсках.
В течение всей войны длилось изыскание как штатной, так и списочной численности для боевых войск, их пополнение как за счёт мобилизации и призыва, так и путём более рационального использования имеющихся людских ресурсов. Так, в ходе войны неоднократно сокращалась численность органов управления в целях более полного укомплектования войск, непосредственно ведущих боевые действия. Такие сокращения имели место в сентябре и декабре 1941 года, весной и летом 1942 и 1943 годов. Только в июне 1943 года штаты были сокращены на 1 637 421 человека, что позволило направить на доукомплектование войск действующей армии 1 176 140 человек.
О рабочей нагрузке сотрудников организационно-мобилизационных органов во время войны красноречиво говорит один из примеров: по докладу начальника Главного организационного управления Генерального штаба Красной Армии генерал-лейтенанта А.Г. Карпоносова, управление в 1942 году в среднем готовило 4500 документов в месяц, то есть до 150 в день.
Из-за внезапности нападения Германии на СССР мобилизация армии и флота проходила в тяжёлых условиях. В соответствии с мобилизационным планом «МП-41» её предусматривалось осуществить по двум вариантам: первый – общая мобилизация открытым порядком во всех Вооружённых Силах или в отдельных военных округах; второй – мобилизация скрытым способом под видом так называемых больших учебных сборов в соответствии со специальным решением Совета Народных Комиссаров СССР. Из 303 дивизий, которые должны были отмобилизоваться по вышеназванному плану, 172 имели сроки полной готовности на 2–4-е сутки мобилизации, 60 – на 4–5-е сутки, а остальные дивизии – на 6–10-е сутки. Все оставшиеся боевые части, фронтовые тылы и военно-учебные заведения отмобилизовывались на 8–15-е сутки, а запасные части и стационарные госпитали – на 16–30-е сутки. Полностью отмобилизовать Вооружённые Силы планировалось в четыре этапа с завершением в течение 30 суток.
22 июня 1941 года Указом Президиума Верховного Совета СССР была объявлена мобилизация военнообязанных четырнадцати возрастов (с 1905 по 1918 год рождения) в 14 округах из 17. В трёх остальных округах – Забайкальском, Среднеазиатском и Дальневосточном – мобилизация была объявлена через месяц особым решением правительства скрытным способом как «большие учебные сборы».
Оповещение о мобилизации началось в первой половине 22 июня. Общим сигналом для подготовки к её проведению явилось Заявление советского правительства по радио в 12 часов дня 22 июня о вероломном нападении фашистской Германии на СССР. Телеграмма об объявлении мобилизации была подписана наркомом обороны 22 июня 1941 года в 16 часов и сдана на Центральный телеграф Наркомата связи в 16 часов 40 минут.
Передача мобилизационной телеграммы во все республиканские, краевые, областные и районные центры заняла 26 мин. Оповещение в западных областях Киевского Особого военного округа, так же как и почти по всей территории Прибалтийского и Западного Особых военных округов, вследствие внезапного нападения противника и действий диверсионно-разведывательных групп было сорвано. В результате мобилизация на территории этих округов проводилась в основном распорядительным порядком.
В некоторых внутренних округах мобилизационные приказы не расклеивались. Оповещение военнообязанных осуществлялось по радио и повестками.
В целом по стране явка военнообязанных была организованной, своевременной и составила 97,4 процента. Все наряды на призыв военнообязанных во внутренних округах были выполнены.
В крайне сложных условиях проходила мобилизация в районах, которые к тому времени были охвачены боевыми действиями. Отмобилизовать армии прикрытия, как это предусматривалось предвоенными планами, когда соединения 1-го эшелона отмобилизовывались в течение двух-четырёх часов, танковые дивизии через шесть часов, а второй эшелон к исходу второго-третьего дня мобилизации, не удалось.
С первым эшелоном было особенно сложно. За несколько часов планировалось отмобилизовать 114 дивизий армии прикрытия, укреплённые районы первой линии, 85 процентов войск ПВО, воздушно-десантные войска, свыше 75 процентов Военно-воздушных сил, 34 артиллерийских полка РГК.
В итоге всеми организационно-мобилизационными органами Наркомата обороны СССР в 1941 году было призвано, поставлено и обращено на укомплектование войск: военнообязанных – 99 процентов, легковых автомобилей – 66 процентов, грузовых и специальных автомобилей – 82 процента, гусеничных тракторов – 80 процентов и лошадей, и обоза – 96 процентов их потребности по мобплану и лимиту изъятия. При этом следует отметить, что из-за потери западных областей страны были утрачены и большие мобилизационные ресурсы военнообязанных. Только в полосах Северо-Западного фронта они составили 810 тысяч, Западного фронта – около 890 тысяч, Юго-Западного – более 1,5 миллиона и Южного фронта – около 813 тысяч человек. Всего из мобилизационных ресурсов Советского Союза на временно захваченной противником территории было оставлено более 5,5 миллиона человек.
Что касается отмобилизования флотов и флотилий, то оно началось 23 июня. Планы их мобилизационного развёртывания в ряде случаев оказались нереальными. Уже первые дни войны показали, что всем наличным составом, включая и отмобилизованные суда, флоты не смогут обеспечить несение дозорной службы, траление и конвоирование. В связи с этим пришлось произвести дополнительную мобилизацию судов. Например, на Северном флоте было мобилизовано 122 судна торгового и рыболовного флота вместо 65 судов согласно плану.
В итоге за четыре года войны было мобилизовано (за вычетом повторно призванных 2,2 миллиона) более 29,5 миллиона человек, а всего вместе с кадровым составом, находившимся в Красной Армии и Военно-морском флоте на 22 июня 1941 года, надели шинели (за годы войны) более 34,4 миллиона человек, что составило 17,5 процента от всего населения страны, в то время как планировалось всего лишь 15 процентов. Деятельность организационно-мобилизационных органов Наркомата обороны СССР в ходе войны историки называют феноменально эффективной.